Ett bra FPS-spel med multiplayer-läge ska bara ha ett antal spelvarianter för spelarna att välja mellan. Counter-Strike är inget undantag. Nedan listas de spelvarianter som har utvecklats för Counter-Strike genom åren och som fortfarande spelas på över nätet (förutom ”Escape”).

Assassination
Assassination är en spelvariant som kräver såväl snabba fingrar som strategi och taktik. Terroristerna ska försöka lönnmörda en spelare från insatsstyrkan. Denna person kallas för VIP. Den spelare som agerar VIP får inte köpa vapen eller utrustning. När spelomgången börjar har VIP-spelaren 200 skyddsvästpoäng som enda skydd. Insatsstyrkan ska eskortera VIP-spelaren oskadd genom hela banan till en flyktzon.

Bomb defuse
I Bomb defuse ska terroristerna aptera en bomb på en särskild plats på banan. Normalt finns två bombplatser, för att terroristerna ska ha flera möjligheter att formulera taktiska grepp för att överraska insatsstyrkan. Insatsstyrkans uppgift är givetvis att försvara bombplatserna. Om terroristerna lyckas aptera bomben har insatsstyrkan fem eller tio sekunder (det senare om insatsstyrkan inte har ett så kallat ”deffkit”) på sig att desarmera bomben.

Escape
Escape är engelska för ”flykt”, och det är precis det som denna spelvariant handlar om. Spelvarianten Escape handlar om att terroristerna ska fly till en viss plats på banan, medan insatsstyrkans uppgift är att stoppa dem. I dag finns Escape inte längre tillgänglig som spelvariant. Den som saknar Escape får i stället nöja sig med spelvarianten Assassination.

Hostage rescue
Hostage rescue är kanske den mest populära spelvarianten av Counter-Strike. Det är nämligen den spelvariant som har flest varianter. Det är också denna variant som har gett spelet sitt namn. Ett annat namn för hostage rescue (gisslanfritagning) är nämligen Counter-Strike. Här har terroristerna tagit flera personer som gisslan. Insatsstyrkan har nu uppgiften att frita gisslan, antingen genom att locka till sig de tillfångatagna personerna och föra dem till ett räddningsområde, eller helt enkelt radera ut alla terrorister. För att göra uppdraget för insatsstyrkan ännu svårare ska gisslan fritas inom en viss tid.

Inofficiella spelvarianter
Eftersom Counter-Strike har ett öppet utvecklingsverktyg, som speltillverkaren Valve uppmuntrar oberoende utvecklare att använda, är det många fristående aktörer (ofta hobbyprogrammerare) som utvecklar egna banor, spelregler och spelvarianter. Som en följd finns det i dag mängder av spelvarianter. En mycket populär spelvariant är ”FY”, som är en förkortning av Fun Yard eller Fight Yard. Denna spelvariant är inte särskilt avancerad. Det finns inga uppdrag att genomföra. Vad det handlar om är att eliminera alla motståndare.