Counter-Strike är i grunden en modifiering av Half-Life. I spelets barndom var det oberoende spelutvecklare som gjorde modifieringarna på egen hand. De två skarpa hjärnor som står bakom just Counter-Strike är Minh Le och Jess Cliffe.

Minh Le hade redan 1996 börjat göra en mod på Quake. När Half-Life släpptes, och det plötsligt fanns en ny och bättre spelmotor att arbeta med, fick han idén att utveckla en mod till Half-Life som bygger på terroristhändelser i stället för attacker av utomjordingar. Minh Le arbetade med modden samtidigt som han bedrev högre studier i datavetenskap. Under utvecklingen av modden kom han i kontakt med Jess Cliff, en datorspeldesigner som vid den här tiden bland annat var webmaster för Valves sajt för Quake 2. Tillsammans tog de båda utvecklarna fram en komplett modifiering som de presenterade för Valve, spelföretaget bakom Half-Life. Valve blev så imponerade av modden att företaget omedelbart satte igång ett arbete för att släppa Counter-Strike som ett eget spel.

År 2000 anställdes Mihn Le och Jess Cliffe på Valve för att fortsätta arbeta med att utveckla Counter-Strike. Samma år köpte Valve alla rättigheter till namnet och spelet. I dag finns dock varken Mihn Le eller Jess Cliffe kvar på Valve.